Увесь комплекс патогенних грибів, що розвивається всередині і на поверхні насіння, умовно поділяється на 2 групи — «польова інфекція» (первинна) та «інфекція зберігання» (вторинна). Такий поділ базується на екології мікроміцетів, перш за все, на їхніх вимогах до вологості субстрату.
До групи збудників «польової інфекції» відносять представників родів Fusarium, Alternaria, Botrytis, Peronospora, Pythium, Pomopsis та інших. Вони заражають насіння до збирання врожаю і є первинними агентами інфекції, пов’язаними з підвищеною вологістю насіння. Основними представниками «інфекції зберігання» є гриби з родів Aspergillus, Trichothecium, Mucor, Rhizopus, що інфікують насіння після збирання — під час транспортування або в процесі зберігання.
Особливо серйозний вплив на реалізацію потенційної продуктивності рослин має прихована форма зараження насіння, яка зовні не проявляється, а інколи може виявитися тільки під впливом певної сукупності умов у процесі зберігання або після висіву. За результатами проведення аналізу зразків насіння ярих культур врожаю 2021 року та його фітоекспертизи на виявлення фітопатогенних збудників встановлено, що насіння ярих зернових заражене збудниками альтернаріозу, фузаріозу, гельмінтоспоріозу, пліснявінням у межах 3-5%. Насіння сої — бактеріозом та фузаріозом до 4%. Крім того, за даними Інституту захисту рослин НААН, протягом останніх років на насінні сої зафіксовано комбінування різних за своєю природою фітопатогенів.
Серед збудників хвороб найбільш чисельно представлені гриби: від 33% до 90,5% порівняно із загальною кількістю фітопатогенів. Частка насіння, ураженого бактеріями, коливається у межах 11,1–28,8%, а змішаною інфекцією (бактеріями та грибами одночасно) — від 4,8 до 38,5%. Збудники грибних і бактеріальних хвороб можуть знижувати урожайність сої на 15-20%, а за епіфітотійного розвитку — навіть знищити до 50% урожаю.
Насіннєвий матеріал сої є носієм фітопатогенів, які найчастіше викликають такі хвороби: фузаріоз, аскохітоз, пероноспороз (або несправжню борошнисту росу), церкоспороз, септоріоз, білу гниль.